Relikwie św. Szymona z Lipnicy w Krakowie
Relikwie świętego Szymona przeniesiono w uroczystej procesji z katedry wawelskiej w 1686 roku, w rok po wydaniu dekretu beatyfikacyjnego do kościoła Ojców Bernardynów i umieszczono w ołtarzu kaplicy do tego celu przeznaczonej. Miejsce to stanowi ośrodek kultu Świętego, którego beatyfikacja miała miejsce w 1685 r., a kanonizacja 3 czerwca 2007 r. Ołtarz składa się z mensy na cokole z przylegającą rzeźbą Szymona przedstawionego w pozycji leżącej. Kaplicę Szymona zdobią obrazy i malowidła ścienne, wykonane przez Adama Stalony Dobrzańskiego i Ludwika Gardowskiego w roku 1945. Są to zarysy kościołów bernardyńskich w Polsce. W ostatnich latach, przed kanonizacją św. Szymona z Lipnicy, staraniem kustosza klasztoru o. Fidelisa Maciołka, przeprowadzono gruntowną renowację kaplicy.
Relikwie św. Szymona w Lipnicy Murowanej
Do Lipnicy Murowanej relikwie św. Szymona zostały sprowadzone 8 lipca 2007 – w roku Jego kanonizacji – i spoczęły w kościele p.w. św. Szymona. Relikwie są umieszczone w ołtarzu głównym, w jego tylnej części. Wierni, którzy pragną je adorować wchodzą tam na kolanach w modlitewnym skupieniu.