Kościół św. Andrzeja Apostoła
Wzniesiony z fundacji króla Kazimierza Wielkiego, który odpowiednimi dokumentami oddał go do kultu w 1363 r. Pomimo kilku poważnych pożarów (1500, 1655, 1740, 1824) do dziś odznacza się wielkością i powagą. Wewnątrz świątyni wyróżnia się ołtarz główny z obrazem przedstawiającym św. Andrzeja – patrona naszej parafii. W południowej kaplicy znajduje się, otoczona wielką czcią gotycka figura Matki Bożej z Dzieciątkiem, tzw. Piękna Madonna Lipnicka. Wszystkich zachwyca także rokokowy ołtarz boczny w południowej kaplicy Ukrzyżowania P. Jezusa. W świątyni czczone są relikwie św. Jana Pawła II, który odwiedził Lipnicę w 1976 roku. W 2010 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Lech Kaczyński ufundował dla kościoła dzwon „Maria”.
W latach 2009-2011 przeprowadzono kompleksową rewitalizację polichromii i wyposażenia dzięki której przywrócono oryginalną kolorystykę wnętrza świątyni a odnowione wyposażenie nabrało nowego blasku i dostojeństwa.
Sanktuarium św. Szymona
Zbudowany ok. 1636- 1648 na miejscu domu rodzinnego św. Szymona na długo przed Jego beatyfikacją. Taki ofiarny gest Lipniczan spowodowany był wielkim kultem do Szymona i licznymi cudownymi uzdrowieniami. Obok kościoła znajduje się studnia, którą wykopano z fundacji mieszczanki Stawinoskiej, której we śnie polecił to uczynić św. Szymon. Gdy spełniła to polecenie, została cudownie uzdrowiona z poważnej choroby. Ludzie używali tej wody w różnych dolegliwościach a szczególnie w chorobach oczu, gardła i niepłodności kobiecej. Wiele jeszcze innych cudownych uzdrowień miało i ma miejsce za przyczyną św. Szymona. Warto o nich posłuchać odwiedzając Lipnicę Murowaną. Przez cały lipiec w kościele św. Szymona odbywają się wieczorne nabożeństwa i nowenna, a o 21.00 Apel przy figurze św. Szymona na lipnickim rynku.
Kościół św. Leonarda
Najstarszym z istniejących kościołów jest zbudowany w XV wieku kościół św. Leonarda. Wewnątrz znajdują się trzy cenne tryptyki: św. Leonarda, św. Mikołaja, Adoracja Dzieciątka Jezus. Na środku kościoła, pod kamienną płytą jest grób śp. Józefiny i Antoniego Ledóchowskich – rodziców Bł. Marii Teresy i Urszuli. W lipcu 1997 roku Lipnicę nawiedziła powódź. W efekcie niszczycielskiego działania żywiołu poważnie naruszona została konstrukcja tej budowli. Następnego dnia po powodzi przystąpiono do remontu kościoła, który ukończono w październiku 2000 r. 3 lipca 2003 r. kościół został wpisany na listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Narodowego UNESCO. Kościół jest miejscem wyjątkowych koncertów muzycznych, a od kilkunastu lat ślubnych ceremonii.
Kościół św. Stanisława
Najmłodszy z lipnickich kościołów, wzniesiony z inicjatywy parafian w Borównej i ówczesnego proboszcza ks. prałata Stanisława Wiśniowskiego, wyposażony i wykończony przez kolejnego proboszcza Lipnicy ks. Zbigniewa Krasa i dzięki ofiarności mieszkańców Borównej oraz całej parafii i wielu życzliwych, często anonimowych darczyńców. Został konsekrowany przez ks. bpa Wiktora Skworca 3 kwietnia 2003 roku. W ołtarzu złożono relikwie św. Urszuli Ledóchowskiej. Obecnie stanowi funkcję kaplicy w której sprawuje się niedzielną mszę św. o godz. 14.00.