Szymon urodził się w Lipnicy koło Bochni w ówczesnym województwie krakowskim około 1438 r., w ubogiej rodzinie małomiasteczkowej, jako syn Grzegorza i Anny. Najwcześniejsze źródła historyczne nie podają żadnych informacji o latach dziecięcych Szymona. Znane biografie jego osoby, począwszy od XVII-wiecznych, zaznaczają jednak, że był on w dzieciństwie bardzo pobożny i odznaczał się pragnieniem zdobywania wiedzy. I to zapewne sprawiło, że zapisał się, po ukończeniu szkoły parafialnej i nieznanego bliżej studium przygotowawczego z zakresu szkoły średniej, na Wydział Artium Akademii Krakowskiej w roku 1454.
W 1457 r. ukończył fakultet sztuk wyzwolonych z tytułem bakałarza i wybiera życie klasztorne w nowo założonym konwencie Braci Mniejszych św. Franciszka z Asyżu pod Wawelem, nazwanym od tytułu kościoła św. Bernardyna ze Sieny ? konwentem bernardynów. Po rocznym nowicjacie Szymon złożył profesję zakonną i studiował teologię w ramach przygotowania do święceń kapłańskich. Szymon przyjął święcenia kapłańskie około 1462 r. Następnie ok. 1465r. obejmuje stanowisko gwardiana w Tarnowie, a w latach następnych (ok. 1467 r.)jest kaznodzieją w Krakowie na Stradomiu. Opróc z prac kaznodziejskich zajmował się też jako skryptor przepisywaniem dzieł teologicznych, potrzebnych w kaznodziejstwie. Jako przedstawiciel na kapitułę generalną Zakonu Braci Mniejszych, która zebrała się w 1478 r. w Pawii w klasztorze św. Jakuba, udał się tam Szymon wraz z wikariuszem polskiej Prowincji i jego towarzyszem a po zakończeniu obrad kapitulnych odwiedził Rzym, a następnie wraz z o. Pawłem ? socjuszem prowincjała, pielgrzymował do Ziemi Świętej. Po powrocie do kraju był jeszcze, w nieznanym bliżej czasie, komisarzem Prowincji, zastępując wikariusza udającego się na kapitułę generalną do Włoch. Było to w latach 70. lub 80. XV w.
W roku 1482, a więc tuż przed swoją śmiercią, został Szymon wybrany w krakowskim konwencie dyskretem, mającym reprezentować konwent krakowski na kapitule prowincjalnej w Kole n. Wartą. Nie zdążył jednak wziąć udziału w tej kapitule, gdyż w Krakowie wybuchła w tym właśnie roku zaraza, której padł ofiarą wraz z 25-ma innymi zakonnikami z klasztoru św. Bernardyna. Zaraził się podczas wyszukiwania chorych w ich domach i niesienia im pomocy.
Zmarł 18 lipca 1482 r. Ze względu na warunki powszechnego zagrożenia podczas szerzącej się epidemii w mieście i konwencie św. Bernardyna, Szymon został pochowany w tym samym dniu, w kilka godzin po swojej śmierci, w kościele klasztornym pod wielkim ołtarzem.
Rozwijający się kult bł. Szymona od jego śmierci w 1482 r., jaki miał miejsce przy jego grobie w Krakowie na Stradomiu, jak i w miejscu jego urodzenia ? w Lipnicy Murowanej, sprawił, że rozpoczęto starania o oficjalne jego zatwierdzenie przez władze kościelne. Proces beatyfikacyjny zakończył się ogłoszeniem Szymona błogosławionym decyzją Stolicy Apostolskiej, z 24 lutego 1685 r., na zasadzie potwierdzenia kultu niepamiętnego. Wielką uroczystość beatyfikacyjna zakończyła w tymże roku uroczysta procesja z relikwiami Szymona ? z katedry na Wawelu na Rynek, do kościoła Panny Maryi, a stąd ulicą Grodzką do odbudowanego już wówczas kościoła Św. Bernardyna, do osobnej bocznej kaplicy bł. Szymona.
Proces kanonizacyjny na szczeblu diecezjalnym ukończono 19 sierpnia 2000 r. Podczas zebrania Komisji kanonizacyjnej w kaplicy Biskupów krakowskich, metropolita kskard. Franciszek Macharski podpisał petycję do Kongregacji do Spraw Świętych w Rzymie, o zatwierdzenie dokumentacji w sprawie cnót heroicznych bł. Szymona i rychłą jego kanonizację.
W następstwie tych działań, konsultorzy historycy, współpracujący z Kongregacją do Spraw Świętych w Rzymie wraz z relatorem generalnym sprawy (prowadzącym ją z ramienia Kongregacji), o. Ambrożym Eszerem OP, zatwierdzili w 2005 r. dokumentację o heroiczności cnót (Positio de virtutibus) bł. Szymona, a w roku następnym (2006) lekarze eksperci, działający przy tejże Kongregacji przeprowadzili nostryfikację cudu kanonizacyjnego. Było to cudowne uzdrowienie w 1943 r. Marii Piątek, farmaceutki zamieszkałej w Krakowie, chorej na zator mózgowy, sparaliżowanej i pozbawionej mowy.
Kolejnym krokiem w kierunku zakończenia procesu było wydanie dekretu przez papieża Benedykta XVI pod koniec 2006 r., zezwalającego na kanonizację, a ostatecznie na Konsystorzu w dniu 23 lutego br. Ojciec św. Benedykt XVI wyznaczył datę kanonizacji naszego Współbrata bł. Szymona z Lipnicy na dzień 3 czerwca 2007 roku.
Św. Szymon został kanonizowany w Rzymie 3 czerwca 2007 r. przez papieża Benedykta XVI.